QEURY_NAME         TEMPL_NAME   PPSscore       Pval   JaccardR   RMSD_ali   SeqIdent QUERY_SIZE TEMPL_SIZE
    1ha3_GDP_A_406     3ec1_GDP_A_900     0.6857 0.00070137     0.6316     0.9269     0.5000         16         15


===================================================================
d0 = 2.07602
===================================================================
Rotation Matrix Information                                        
===================================================================
i              t[i]         u[i][0]         u[i][1]         u[i][2]
0     31.0814959006   -0.2545461124    0.4105302905   -0.8755976000
1     -1.1306249663    0.7318020565    0.6736716674    0.1031127276
2     -0.1741452977    0.6321961932   -0.6145171805   -0.4719074149

Code for rotating Structure Query from (x,y,z) to (X,Y,Z):
for(k=0; k<L; k++)
{
   X[k] = t[0] + u[0][0]*x[k] + u[0][1]*y[k] + u[0][2]*z[k]
   Y[k] = t[1] + u[1][0]*x[k] + u[1][1]*y[k] + u[1][2]*z[k]
   Z[k] = t[2] + u[2][0]*x[k] + u[2][1]*y[k] + u[2][2]*z[k]
}


================================================================================
Pocket Alignment Information                                                    
================================================================================
Query AA Index:        20   21   23   24   25   26   83  136  137  139  140  176 
Query AA Type:          V    D    G    K    T    T    P    N    K    D    M    L 
Aligned Tag:            .    :    :    :    :    :    .    :    :    :    :    : 
Aligned Distance:    1.12 0.85 0.44 0.40 0.23 0.11 2.54 0.49 0.28 0.51 0.83 0.44 
Templ AA Type:          T    N    G    K    S    T    G    N    K    D    L    A 
Templ AA Index:       171  172  174  175  176  177  221  106  107  109  110  144 
    


Query pocket number : 1
Template pocket number : 1
Using 0-s to load poc files.
Using 0.02-s to run PPS-align. 
Totally Using 0.020000-s