Hello Dr. Zhang:
Thanks for letting me download your I-TASSER Suite. Local installation of I-TASSER works fine with your
version of nr database (nt.tar.gz),but, I am not sure how to upgrade the database(see below for the
contents of the latest NCBI nr database). It looks like your "runI-TASSER.pl" ($db="$libdir/nr/nr";)
refers to "nr" file under "nr" directory. Can you tell me how to prepare this "nr" file?
Is it prepared using any of the programs under blast/bin directory?
Thanks very much for your time.
Ravi
contents of nr.tar.gz:
----------------------
nr nr.00.pin nr.00.pni nr.00.psi nr.01.phr nr.01.pnd nr.01.psd nr.01.psq
nr.00.phr nr.00.pnd nr.00.psd nr.00.psq nr.01.pin nr.01.pni nr.01.psi nr.pal
contents of the latest nr database:
----------------------------------
nr.00.phd nr.00.ppd nr.01.phr nr.01.psd nr.02.pnd nr.02.psq nr.03.pog nr.04.phi nr.04.ppi nr.05.pin nr.05.psi
nr.00.phi nr.00.ppi nr.01.pin nr.01.psi nr.02.pni nr.03.phd nr.03.ppd nr.04.phr nr.04.psd nr.05.pnd nr.05.psq
nr.00.phr nr.00.psd nr.01.pnd nr.01.psq nr.02.pog nr.03.phi nr.03.ppi nr.04.pin nr.04.psi nr.05.pni nr.pal
nr.00.pin nr.00.psi nr.01.pni nr.02.phd nr.02.ppd nr.03.phr nr.03.psd nr.04.pnd nr.04.psq nr.05.pog
nr.00.pnd nr.00.psq nr.01.pog nr.02.phi nr.02.ppi nr.03.pin nr.03.psi nr.04.pni nr.05.phd nr.05.ppd
nr.00.pni nr.01.phd nr.01.ppd nr.02.phr nr.02.psd nr.03.pnd nr.03.psq nr.04.pog nr.05.phi nr.05.ppi
nr.00.pog nr.01.phi nr.01.ppi nr.02.pin nr.02.psi nr.03.pni nr.04.phd nr.04.ppd nr.05.phr nr.05.psd